蛋白質(zhì)與DNA互作是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的關(guān)鍵，也是啟動基因轉(zhuǎn)錄的前提。蛋白質(zhì)與DNA互作主要包括組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子、DNA甲基化酶和染色質(zhì)重塑復(fù)合物等。為了研究蛋白質(zhì)-DNA互作，科學(xué)家發(fā)明了很多方法：凝膠阻滯、DNaseⅠ足跡實驗、甲基化干擾、體內(nèi)足跡、酵母雜交、ChIP-Seq等。其中ChIP-Seq可以真實、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的靶蛋白，是目前研究蛋白質(zhì)-DNA互作的經(jīng)典方法。但該技術(shù)需要大量細胞，且步驟繁瑣，耗時較長，因此，研究者不斷在尋找新的替代方法。

　　DNA競爭實驗（DNAcompetitiveassay）的具體做法如下：

　　在DNA-蛋白質(zhì)結(jié)合的反應(yīng)體系中加入了超量的非標記的競爭DNA（competitorDNA），如果它同探針DNA結(jié)合的是同一種轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)，那么由于競爭DNA與探針DNA相比是極大超量的，這樣絕大部分轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)都會被競爭結(jié)合掉，而使探針DNA仍然處于自由的非結(jié)合狀態(tài)，可以在電泳凝膠的放射自顯影圖片上就不會出現(xiàn)阻滯的條帶；

　　如果反應(yīng)體系中加入的競爭DNA并不能同探針DNA競爭結(jié)合同一種轉(zhuǎn)錄因子，結(jié)果在電泳凝膠中的放射自顯影圖片上就會出現(xiàn)阻滯的條帶。

　　6、應(yīng)用：

　　a、凝膠阻滯實驗可以用于鑒定在特殊類型細胞蛋白質(zhì)提取物中，是否存在能同某一特定的DNA（含有轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點）結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)；

　　b、DNA競爭實驗可以用來檢測轉(zhuǎn)錄因子蛋白質(zhì)同DNA結(jié)合的精確序列部位；

　　c、通過競爭DNA中轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的堿基突變可以研究此種突變競爭性能及其轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合作用的影響；

　　d、也可以利用DNA同特定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合作用通過親和層析來分離特定的轉(zhuǎn)錄因子。